El hábitat natural del Anairetes fernandezianus es el bosque húmedo de las laderas de las montañas de la isla Robinson Crusoe, donde se alimenta principalmente de insectos y arañas, así como también de semillas y frutas pequeñas.
El Anairetes fernandezianus es una especie en peligro crítico de extinción debido a la degradación de su hábitat natural causado por la introducción de especies invasoras, como la rata negra, que predan sus huevos y polluelos. Además, la explotación forestal y la agricultura han reducido significativamente su población. Se estima que quedan menos de 500 individuos en la naturaleza y se están llevando a cabo esfuerzos de conservación para su protección y recuperación.